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私募股权投资契约型基金目前面临的问题
一、投资事项的股东身份受限
私募股权投资契约型基金，顾名思义，该基金的投资标的为非公开上市交易的股权，绝大部分时候指的有限公司的股权、非上市股份有限公司的股份或合伙企业财产份额。《公司登记管理条例》的相关规定要求，设立公司应向公司登记管理机关提交股东或发起人的“主体资格证明”或“自然人的身份证明”。在操作成眠，“主体资格证明”被明确界定为“为企业法人的提交营业执照副本复印件;为事业法人的提交事业法人登记证书复印件;为社团法人的提交社团法人登记证书复印件;为民办非企业的提交民办非企业证书复印件”。实践中，由于契约型基金不是民法上的民事主体，缺乏法律上的投资主体地位，无法提供“主体资格证明”，因而难以独立地记载于公司的股东名册，无法在工商局办理股东登记。《合伙企业法》要求合伙人必须是自然人、法人或其他组织，对于契约型基金而言也面临同样的问题。
目前，证监会基金业协会的官员在公开媒体上曾提出，证监会正在努力推动契约型基金作为未上市企业股东进行工商登记的解决措施。实践当中已经有部分工商局借鉴资管计划及信托计划的做法，将契约型基金的管理人登记为股东，实际上享有股东权利的是基金而非管理人，如苏州地区、盐城地区的工商局。
这种将基金投资的项目，股东登记为管理人而非基金，会有两个大的方面的疑问：一、这是否是代持关系，是否适用隐名股东和显名股东的相关规定，最终的股东权利由谁享有?
二、这种做法，是否会给管理人带来潜在的税务风险。
前述方式并不是典型的公司法所定义的股权代持关系，依照契约型基金的基础法律关系——即信托关系的定义，契约型基金管理人完全可以以自己的名义，为受益人(投资人)的利益或者特定目的，对委托财产(契约型基金)进行管理或者处分。因此契约型基金管理人以自己的名义，代表契约型基金去持有公司的股权或合伙企业的合伙份额乃至在出于保护投资人利益的前提下以自己的名义行使相应的股东权利或合伙人权利，这与基于合同法律关系的股权代持行为，在基础法律关系上有本质的区别。目前部分工商局所采用的，由契约型基金管理人代表契约型基金作为公司股东或合伙企业合伙人的方案，并不违反信托法、公司法、合伙企业法所确定的法律规则，值得在实践中推广。如果在工商登记名称能够扩展为：契约型基金管理人(代契约型基金持有)，在直观性上更贴近真实的法律状态，这一形式在资管计划投资私募股权领域已经被部分地区的工商局所采用，资管计划管理人代资管计划持有公司股权，其登记的股东名称即为：管理人(代资管计划持有)。
税务方面，主要在于如果工商局登记的项目公司股东为基金管理人，从项目公司获得分红利息或资本利得退出时，这部分所得是否会被认为是管理人的收入?
基金法已经明确要求了基金财产是独立于管理人自身的财产的。管理人运用基金财产所获得的投资收益归属于基金财产，而不能归属于管理人(《基金法》第五条)。因此，造成这方面混淆的根源还是在于契约型基金无法将自身登记为公司股东，如果能够解决工商登记的问题，从外观上也能够避免这种混淆。
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